光纤激光器和二氧化碳激光器的主要区别在于两者的工作物质不一样，光纤激光器的工作物质为光纤、而二氧化碳激光器的工作物质为二氧化碳，属于气体激光器，另外，两者的功率方面也是有比较大的区别。

目前光纤激光器应用得较多的是从几百瓦到上千瓦，而二氧化碳激光器常见的主要有80W到600W这个功率范围。光纤激光器的光电转化效率比二氧化碳激光器的要高，在切割质量及速度上，光纤激光器优于二氧化碳激光器；在使用和维护成本上，光纤激光器低于二氧化碳激光器；在一次性投入方面，光纤激光器要略高于二氧化碳激光器；另外，光纤激光器和二氧化碳激光器都需要冷水机对其进行冷却降温。